החשובה ביצירותיו בפרוזה היא הטרילוגיה "פנים אל פנים", שנסבה על חטיבת "גבעתי" במלחמת העצמאות. בשנות השבעים היה אבא קובנר מעורב בתכנון מוזיאון בית התפוצות בתל אביב. אבא קובנר זכה ב-1961 בפרס שלונסקי על הרומן "פנים אל פנים", ב-1968 זכה בפרס ברנר על הפואמה "אחות קטנה", ב-1970 זכה בפרס ישראל ליוצר מקורי ובפברואר 1978 זכה בפרס ביאליק לספרות יפה לשנת תשל"ח. אבא קובנר נפטר ביום שישי, יום ב' של ראש השנה תשמ"ח, 25 באוקטובר 1987 ונטמן בקיבוצו, עין החורש.